לראשונה התארגנו מתעניינים בלימודים קלאסיים בירושלים בשנות ה-30, כשמספר חוקרים העוסקים בתחום הקימו חוג אשר נקרא  תיאסוס (Thiasos), ביוונית עתיקה – "חבורה" או "קבוצת פולחן".  אנשי  תיאסוס ערכו הרצאות ודיונים בנושאי העולם הקלאסי. מפגשיהם היו פתוחים לקהל הרחב. בסוף שנות ה-50, עם היווסדה של אוניברסיטת תל-אביב, קמה התארגנות דומה גם שם. שמה היה ארנוס (Eranos), ביוונית – "מועדון" או חוג בו כל אחד מהחברים תורם את חלקו למטרה משותפת. בשנות ה-60 מספר אוניברסיטאות בארץ גדל, ואתו מספר המחלקות בהן עסקו בלימודים קלאסיים.

כדי ליצור ארגון המייצג את כל העמיתים, נוסדה ב-1971 האגודה לקידום הלימודים הקלאסיים בישראל. היוזמה הייתה של פרופ' אברהם וסרשטיין מהאוניברסיטה העברית, פרופ' בנימין שימרון ופרופ' שלום פרלמן מאוניברסיטת תל-אביב, פרופ' דוד סולברג מאוניברסיטת בר-אילן ופרופ' עקיבא גלבוע מאוניברסיטת חיפה.  האגודה ערכה כנסים שנתיים והחלה לפרסם את השנתון שלה, Scripta Classica Israelica.

היום האגודה היא עמותה רשומה, ויש בה כמעט 200 חברים, מרצים באוניברסיטאות, חוקרים העוסקים בלימודים קלאסיים, וסטודנטים. כמו בימי תיאסוס, חברות באגודה פתוחה גם לקהל הרחב. מדי שנה נערכים כנסים בהם מרצים חברי האגודה על מחקריהם, דנים באסיפה הכללית בהתנהלות האגודה, ועורכים אירועים מיוחדים הקשורים ללימודים הקלאסיים. הכנסים השנתיים של האגודה מושכים גם חוקרים בולטים מחו"ל.

כתב העת של האגודה, Scripta Classica Israelica, יוצא לאור אחת לשנה וכולל מאמרים מדעיים, ביקורות ספרים ודיווח על עבודות הדוקטור בתחום הלימודים הקלאסיים הנכתבות בישראל. במהלך השנים הפך Scripta Classica Israelica לכתב עת מוכר ובעל מעמד מכובד בחקר העולם הקלאסי. כיום, כתב העת נגיש במרשתת באופן פתוח כאן. האגודה מתחדשת ומחפשת דרכים לשיתוף הפעולה עם תחומי ידע אחרים ועם ארגונים העוסקים בלימודים הקלאסיים בעולם.